Windows-Tweaks has been offering some tips for speeding up the NTFS file system for some time now:
Tag: Master File Table
Windows XP (SP2) – Die Master File Table (MFT) defragmentieren
Mit Hilfe dieses Tipps konvertieren Sie FAT32 Datenträger in das wesentlich sichere NTFS-Dateisystem. Damit Ihr PC auch nach dieser Konvertierung möglichst schnell reagiert, raten wir dazu den /cvtarea-Parameter zu nutzen, um eine zusammenhängende MFT zu erstellen.